با توجه به یافته های باستان شناسی محدوده ی شهر بویین میاندشت و وجود ساخت های زیرزمینی در سطح شهر (دستکند بویین میاندشت), دارای قدمتی بالغ بر ۳۰۰۰ سال می باشد.
بقایای آثار تاریخی در جای جای شهر وجود دارد، از جمله تپه های باستانی، سفال های یافت شده گواه بر این مدعاست. وجود بیش از ۲۰۰ اثر تاریخی اعم از سایت موزه و ابنیه بر اثبات این موضوع می افزاید ک در این شهر بیش از ۵۰۰۰ هزار سال زندگی انسان بر روی کره ی خاکی بوده و تا به حال استمرار داشته است. وجود سازه های سنگی و ابزارهای سنگی (مانند نیزه، تیغه، چاقو و ابزار برای جدا کردن گندم از خوشه) نشانگر قدمت کشاورزی در این شهرستان می باشد.
علاوه بر این حدود ۴۰۰ سال پیش شاه عباس اول صفوی قومیت های گرجی، ارمنی را به این منطقه کوچ داده است. که خود گواه بر قدمت این منطقه می باشد. این شهرستان دارای قومیتها و مذاهب مختلف بوده و از آن به عنوان سرزمین رنگین کمان اقوام یاد می کنند. قومیت هایی همچون فارسی زبانان، ترک زبانان، بختیاریها، گرجی ها و ارامنه که این دو گروه توسط شاه عباس صفوی در حدود ۴۰۰ سال پیش از کشور گرجستان و ارمنستان به ایران مهاجرت داده شدند.
هسته اولیه شهر از دو مکان جغرافیایی بوئین میاندشت تشکیل شده است. بنیادگذاران هر دو، از گرجی‌های زمان شاه عباس اول هستند که توسط خود او از گرجستان به ایران تبعید شدند و به دستور او عده‌ای از جنگاوران آن‌ها جهت حفظ منطقه فریدن و همچنین پایتخت اصفهان از حملات اقوام لر و کرد در فریدن ساکن شدند.
این دو مکان در گذشته ای نه چندان دور با فاصله و در دو سوی رودخانه قرار داشتند. ایجاد تاسیسات خدماتی، بازرگانی، ساختمان ها و اماکن، فاصله ی این دو مرکز را از میان برداشته و به هم پیوستن این دو مکان، هسته اولیه ی شهر بویین میاندشت را ایجاد کرده است. در سال ۱۳۷۷ یک محله ی دیگر بنام ششجوان به آن افزوده شد که در غرب بویین میاندشت قرار دارد.